Кафедра БТС, первая в стране взявшаяся за подготовку инженеров по медицинской технике, открыта в 1962 г. Тогда кафедра была известна как кафедра "Электронно-медицинской аппаратуры". Для открытия новой специальности существовали объективные причины. Медицинская практика требовала внедрения достижений науки и техники, а идеи подготовки инженеров нового направления проникали в умы многих ученых и специалистов. Главными инициаторами подготовки инженеров по новой специальности были: в Москве - известный ученый, академик Аксель Иванович Берг, преподававший в ЛЭТИ перед Отечественной войной, а в Ленинграде - талантливый хирург ВМА им. С.М. Кирова, академик Петр Андреевич Куприянов. На стадии становления кафедры много сил и энергии для ее организации отдал профессор ЛЭТИ, д.т.н. В.Е. Манойлов, руководивший в то время кафедрой "Техники безопасности".

Первым заведующим кафедрой (1963-1972 г.г.) стал профессор, д.т.н. О.Б. Лурье , известный в мире специалист в области усилительной техники. На том уровне развития медицинской техники проблема проектирования высококачественных биоусилителей была основной, но первый учебный план отличался междисциплинарным характером подготовки, включающей циклы технических и медико-биологических дисциплин. Соединение таких дисциплин в рамках технического высшего учебного заведения - весьма не простая задача, так как при ограниченном объеме учебных часов, отпущенных на специальную подготовку, необходимо обеспечить серьезную инженерную подготовку и, наряду с этим, дать медико-биологические знания, без которых невозможно разрабатывать медицинскую технику.

Три года (1972-1975 г.г.) кафедрой руководил профессор, д.т.н. В.К. Лабутин, которому кафедра "обязана" проникновением в учебный процесс методов математического моделирования, бионики, методов автоматизации обработки биомедицинской информации. Это направление стало традиционным для кафедры, получив дальнейшее развитие в работах многих ее сотрудников.

Совсем не надолго (1975 г.) кафедру возглавил рано ушедший из жизни после тяжелой болезни доцент К.С. Рожнов, но благодаря ему кафедра ЭМА получила еще одну учебно-научную задачу - задачу охраны окружающей среды, что привело и к переименованию кафедры в кафедру биомедицинской электроники и охраны среды - БМЭиОС.

В разное время в переходной период от одного заведующего кафедрой к другому обязанности зав. кафедрой исполняли к.т.н., доц. Быков Р.Е. и Попечителев Е.П. д.т.н., профессор Быков Р.Е. создал свою школу по применению телевизионных методов в медицине и биологии, которая сохранена на кафедре и сегодня. Он был первым доктором технических наук в России, защитившим диссертацию по научному направлению "Медицинское приборостроение". Сегодня он работает в ЭТУ-ЛЭТИ на кафедре Телевидения и видеотехники и плодотворно сотрудничает с кафедрой БТС.

В 1976 г. кафедру возглавил генеральный директор особого конструкторского бюро биомедицинской кибернетики (ОКБ-БИМК, переименованное позже в НИКТИ БТС), лауреат Ленинской и Государственной премий, д.т.н., профессор В.М.Ахутин . Была открыта новая "биотехническая" глава в истории кафедры. Появились и стали интенсивно развиваться новые научные направления, связанные с разработкой теории синтеза биотехнических систем, автоматизированных комплексов оценки состояния работающего человека в реальном масштабе времени, систем отображения информации и съема первичной информации и т.п. Интенсивно развивалось и Особое конструкторское бюро биологической и медицинской кибернетики, директором которого был В.М. Ахутин и в котором нашли свое место многие выпускники кафедры, да и бывшие студенты других специальностей. Сегодня - это научно-исследовательский конструкторско-технологический институт биотехнических систем (НИКТИ БТС), известное научное учреждение в России и за рубежом И вот позади 35 лет поиска, сомнений, споров, которые продолжаются и поныне. Как головная в России по этому направлению подготовки инженеров, кафедра выступала и выступает инициатором многих путей совершенствования учебного процесса. Целый "ворох" учебных планов, сотни рабочих программ, учебные пособия и монографии, примеры лабораторных работ и многое другое, что составляет "начинку" учебного процесса - все это сделано руками сотрудников кафедры и широко используется в учебном процессе других вузов России. И прежде всего это заслуга тех первоклассных специалистов, которые в разное время работали на кафедре и работают сегодня. Все это нашло отражение в учебном процессе, в специализации выпускников кафедры, которая оказалась настолько всеобъемлющей, что они могли работать в самых разнообразных организациях, и не только медико-биологического характера.

С 1992 г. по 2007 г. кафедру возглавлял профессор Е. П. Попечителев , который еще в 1962 будучи студентом 6 курса радиотехнического факультета, начал работать на кафедре ЭМА лаборантом.

С 2007 г. заведующим кафедры становится д.т.н. профессор В.В. Шаповалов, Генеральный директор Научно-исследовательского конструкторско-технологического института биотехнических систем (НИКТИ БТС), а в 2010 г. кафедра вновь была переименована в Кафедру биотехнических систем (БТС).

Интерес к медико-техническому образованию в мире настолько велик, что на кафедре всегда велась подготовка специалистов и для зарубежных стран. Начиная с 1992г. кафедра открыла прием иностранных студентов на контрактной основе, и желающих получить образование всегда было много. Подготовка инженеров на контрактной основе позволила кафедре решить и ряд финансовых проблем. Несмотря на трудное финансовое положение университета, кафедре за счет этих средств удалось отремонтировать учебные лаборатории, обновить их материально-техническую базу, открыть кафедральный учебный класс персональных ЭВМ.

За последние годы кафедра подготовила несколько учебников и учебных пособий, другую учебно-методическую литературу, выступила гарантом открытия медико-технических специальностей в ряде регионов России. Следует подчеркнуть также и общественную активность кафедры, характерную для нее на протяжении всего времени существования. Еще на рубеже 60-ых годов кафедра активно включилась в процесс консолидации научных и технических организации Ленинграда, связанных с разработкой и выпуском электронно-медицинской техники, организовав при научно-техническом обществе радиотехники, электроники и связи (НТОРЭС) им. А.С. Попова секцию биомедицинской электроники. Хорошо известна по России знаменитая школа по биотехническим системам, деятельность которой дала путевку в науку не одному ее слушателю. А сегодня кафедру знают как базовую для Комитета по здравоохранению Администрации Санкт-Петербурга по подготовке технических специалистов для учреждений здравоохранения города, области, региона.

Специалисты кафедры входят в составы научно-технических Советов многих организаций, являются действительными членами и член корреспондентами многих общественных Академий наук, в том числе Российской Академии медико-технических наук, Международной академии наук экологии и безопасности человека и природы, Инженерной Академии наук и др. Они участвуют практически во всех делах в Санкт-Петербурге, имеющих отношение к медико-технической практике. Кафедра БТС как базовая кафедра в России участвует в создании аналогичных кафедр в других вузах страны и поддерживает с ними творческие отношения. Сегодня уже работает более 45 кафедр в разных городах России. Сегодня кафедра БТС является базовой кафедрой по подготовке высококвалифицированных специалистов по направлениям профессионального высшего образования в медико-техническом направлении, кафедра принимает участие в организации УМС по этому направлению.

За последние пять лет кафедрой выпущено более 100 инженеров, из них подготовлено более 40 специалистов для зарубежных стран, сотрудниками кафедры защищены 2 диссертаций на соискание ученой степени доктора технических наук и 15 диссертаций на соискание ученой степени кандидата технических наук. Выпускники кафедры устраиваются на крупные предприятия по выпуску медицинской техники, в организации системы "Медтехника", НИИ и лечебные учреждения медицинского и медико-технического профиля и оказывают влияние на развитие этих организаций. Всегда кафедру характеризовала дружная и сплоченная обстановка, доброжелательность и взаимная требовательность, заинтересованность и активность. Она всегда была молодой не только по времени своего существования, но и по духу, царившему на ней, по возрасту работавших на ней специалистов. На кафедру пришли новые сотрудники - выпускники и аспиранты кафедры, которые, несмотря на всяческие трудности (не будем даже их перечислять!), активно работают, вместе с кафедрой радуются ее успехам и преодолевают преграды... И сегодня хочется надеяться, что и в будущем наши молодые коллеги будут сохранять прекрасный дух творчества, внесут новые традиции в жизнь кафедры, не потеряв те качества, которые закладывались у ее истоков. В этом залог будущего, преемственность поколений, дающая уверенность в постоянном развитии направления, одного из перспективных в нашем университете.

Кафедра живет и развивается, строит планы дальнейшего совершенствования и намерена их выполнять под девизом, предложенным профессором Владимиром Михайловичем Ахутиным - "И... полный вперед!"